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复合碘是很好的浸泡消毒药[消毒药，中药名。]品，主要是作为消毒剂使用，复合碘可以浸泡鱼卵，给器具消毒，很多时候都可以使用复合碘，因为复合碘中含有的碘元素活性很强，对细菌、病毒、霉菌、原生动物、芽孢、孢子虫、线虫均有抑制和杀灭的作用。
复合碘的缺点：复合碘不能杀灭芽胞等一些比较顽固的细菌，因为这些复合碘对这些细菌并没有很大的效果，而且复合碘还比较容易对光敏感，易受有机物干扰。复合碘不能用在冷水鱼等对碘敏感的鱼身上，否则可能会因为使用不当而导致大量的鱼出现死亡现象，使用时也要注意检查鱼是否对复合碘过敏。
复合碘水产消毒时间
一般在第二次杀虫后的第二天，用复合碘溶液对整个塘口进行消毒，好的消毒时间是在阳光明媚的早晨，另外使用鳃腐康预防塘口出现烂鳃病
