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物理遮阳：物理遮阳就是施用腐植酸钠后，水体变成酱油色可以阻挡部分阳光到达底层，从而可以起到预防青苔的作用，在螃蟹养殖塘使用量比较大。在实际使用中，粉状产品一般在水体中持续时间较短，一般在1-3天，片状产品就相对持续时间较长，一般会超过5天。实际使用中，长见过14天的持续酱油水色。
改良底质、除臭：主要是球状和破碎型颗粒的作用，此类用法的机理应该有两个层面的原因：，腐植酸钠的网状及多孔结构可以疏松土壤，改散底质的透气性；第二，腐植酸钠可吸附底层环境中的部分NH3及H2S，从而去除底泥的臭味，进而减少对环境的污染。据王内贵等人的研究，腐植酸钠可以吸收一部分氨气，从而降低其对肠道及外部环境的危害。从这一点可以考虑在水产养殖动物的后期大量使用配合饲料时，是否可以通过添加一部分腐植酸钠，以减轻含氮物质对环境的恶化作用。
对于腐植酸钠的化学结构仍然存在争论，一种观点认为芳香族结构的物质占主导地位，另一种观点则认为脂肪族结构的物质占主导地位。引起争议的原因是多方面的，比如腐植酸的来源、提取方法、纯化和分析方法等众多的因素。
