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对于腐植酸钠的化学结构仍然存在争论，一种观点认为芳香族结构的物质占主导地位，另一种观点则认为脂肪族结构的物质占主导地位。引起争议的原因是多方面的，比如腐植酸的来源、提取方法、纯化和分析方法等众多的因素。
腐植酸钠经一般毒性和特殊毒性试验证明安全,如腐植酸钠对大鼠口服LD50，12克/千克，用腐植酸钠对小鼠灌胃LD50，3150毫克/千克，犬口服大耐受量LD50，4克/千克。
腐植酸钠不但没有毒性而且还有作用，对重金属、马钱子碱等有作用，并可降低尿素毒性。
腐植酸能促使种子提早发芽，出苗率高，在低温下尤为显著；能刺激根系极端分生组织细胞的分裂与增长，使幼苗发根快，次生根多，根量增加，根系伸长，使作物吸收水分、养分能力增加。
