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改良底质、除臭：主要是球状和破碎型颗粒的作用，此类用法的机理应该有两个层面的原因：，腐植酸钠的网状及多孔结构可以疏松土壤，改散底质的透气性；第二，腐植酸钠可吸附底层环境中的部分NH3及H2S，从而去除底泥的臭味，进而减少对环境的污染。据王内贵等人的研究，腐植酸钠可以吸收一部分氨气，从而降低其对肠道及外部环境的危害。从这一点可以考虑在水产养殖动物的后期大量使用配合饲料时，是否可以通过添加一部分腐植酸钠，以减轻含氮物质对环境的恶化作用。
由于腐植酸钠结构的复杂性，目前对腐植酸钠的降解特性仍然存在争议。而据研究表明，腐植酸钠中仅有少部分是可生物降解的，大部分具有生物抑制基团。但黄廷林等的进一步研究指出，腐植酸钠具有一定的可生物降解能力，只因受到生物反应器的各种因素的影响，其速度一般较慢。
腐植酸钠经一般毒性和特殊毒性试验证明安全,如腐植酸钠对大鼠口服LD50，12克/千克，用腐植酸钠对小鼠灌胃LD50，3150毫克/千克，犬口服大耐受量LD50，4克/千克。
腐植酸钠不但没有毒性而且还有作用，对重金属、马钱子碱等有作用，并可降低尿素毒性。
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