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由于腐植酸钠结构的复杂性，目前对腐植酸钠的降解特性仍然存在争议。而据研究表明，腐植酸钠中仅有少部分是可生物降解的，大部分具有生物抑制基团。但黄廷林等的进一步研究指出，腐植酸钠具有一定的可生物降解能力，只因受到生物反应器的各种因素的影响，其速度一般较慢。
腐植酸钠经一般毒性和特殊毒性试验证明安全,如腐植酸钠对大鼠口服LD50，12克/千克，用腐植酸钠对小鼠灌胃LD50，3150毫克/千克，犬口服大耐受量LD50，4克/千克。
腐植酸钠不但没有毒性而且还有作用，对重金属、马钱子碱等有作用，并可降低尿素毒性。
腐植酸阳离子交换量大，有较强的吸附缓冲性和螯合能力，可提高土壤中的养分利用率，缓冲酸碱危害等作用。腐植酸是有机大分子胶体，具有很强的吸水、蓄水功能，粘土颗粒吸水率一般为50%-60%，而腐植酸类物质的吸水率可达500%-600%，所以，使用腐植酸类肥料有利于改善土壤水分状况。
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