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改良底质、除臭：主要是球状和破碎型颗粒的作用，此类用法的机理应该有两个层面的原因：，腐植酸钠的网状及多孔结构可以疏松土壤，改散底质的透气性；第二，腐植酸钠可吸附底层环境中的部分NH3及H2S，从而去除底泥的臭味，进而减少对环境的污染。据王内贵等人的研究，腐植酸钠可以吸收一部分氨气，从而降低其对肠道及外部环境的危害。从这一点可以考虑在水产养殖动物的后期大量使用配合饲料时，是否可以通过添加一部分腐植酸钠，以减轻含氮物质对环境的恶化作用。
腐植酸阳离子交换量大，有较强的吸附缓冲性和螯合能力，可提高土壤中的养分利用率，缓冲酸碱危害等作用。腐植酸是有机大分子胶体，具有很强的吸水、蓄水功能，粘土颗粒吸水率一般为50%-60%，而腐植酸类物质的吸水率可达500%-600%，所以，使用腐植酸类肥料有利于改善土壤水分状况。
腐植酸能促使种子提早发芽，出苗率高，在低温下尤为显著；能刺激根系极端分生组织细胞的分裂与增长，使幼苗发根快，次生根多，根量增加，根系伸长，使作物吸收水分、养分能力增加。
